By the time of Rennyo's death, three years later, the general shape and size of the Ishiyama Hongan-ji was already in place. Через три года, когда Рэннё умер, уже сформировался общий облик храмового комплекса Исияма Хонган-дзи.
After the 1532 destruction of Yamashina Mido in Kyoto, the Ishiyama Hongan-ji acted as the primary temple for the Ikkō sect, from which the Ikkō-ikki had sprouted. После разрушения в 1532 году в Киото Ямасина Мидо Исияма Хонган-дзи стал главным храмом секты Икко, породившей движение Икко-икки.
The Great Fire of Meireki of 1657 destroyed over two-thirds of Edo's buildings, including Hongan-ji temple in Asakusa, the enormous Kantō headquarters of the Jōdo Shinshū sect. В 1657 году великий пожар периода Мэйрэки уничтожил две трети зданий в Эдо, включая находившийся в Асакуса храм Хонган-дзи — штаб-квартиру школы Дзёдо-синсю в регионе Канто.