In 1559, Trolle was appointed Admiral and Inspector of the Fleet, a task which occupied all his time and energy. В 1559 году Тролле получил звание адмирала и инспектора флота, начав после этого отдавать работе основную часть своего времени.
Trolle had been severely wounded in the thigh and shoulder, but he would not let the ship's surgeon see to his injuries until every one else had been attended to. Тролле был тяжело ранен в бедро и плечо, но не позволил корабельному врачу заняться его ранами, пока тот не оказал помощь получившим ещё более тяжёлые раны солдатам.
Trolle spent the winter partly at his castle of Herlufsholm completing his long-cherished plan of establishing a school for all classes, and partly at Copenhagen equipping a new fleet for the ensuing campaign. Часть зимы после этого Тролле провёл в своём замке Херлюфсхёльм, претворив в жизнь свой давний план создания школы для детей представителей всех классов общества, а также частично оснастив в Копенгагене новый флот для последующей кампании.